舰装备着先进的武器，瞬间对科研基地发动了猛烈攻击。

“集中火力，攻击他们的战舰护盾！” 李强通过通讯频道指挥着。科研基地的防御武器纷纷开火，与 “暗影议会” 的舰队展开激烈交火。

在战斗中，联盟的防御力量逐渐处于下风。“暗影议会” 的战舰利用先进的战术，突破了基地的外层防御。就在他们准备冲进基地夺取研究资料时，李强带领着探险队成员亲自上阵，与敌人展开近身搏斗。

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“我们不能让他们得逞！” 李强挥舞着手中的能量剑，与 “暗影议会” 的士兵们展开殊死搏斗。探险队成员们也毫不畏惧，他们凭借着顽强的意志和对联盟的忠诚，坚守着科研基地。

与此同时，联盟总部得知科研基地遇袭的消息后，立刻派遣增援部队。赵琳带领着科研团队，紧急研发出一种干扰装置，能够暂时扰乱 “暗影议会” 战舰的武器系统和通讯设备。

“快，将干扰装置送到科研基地，这或许能帮助李强他们扭转局势。” 赵琳焦急地说道。

增援部队带着干扰装置，迅速赶往科研基地。在关键时刻，他们赶到了战场，并成功启动了干扰装置。“暗影议会” 的战舰顿时陷入混乱，武器系统失灵，通讯中断。

“趁现在，发动反击！” 李强抓住机会，带领着探险队和增援部队对 “暗影议会” 的突袭部队发起猛烈反击。在联盟的强大攻势下，“暗影议会” 的突袭部队节节败退，最终狼狈逃窜。

经过这场战斗，联盟更加深刻地认识到内部团结和公约执行的重要性。李昂再次召集联盟成员以及各合作文明的代表，召开紧急会议。

“这次事件给我们敲响了警钟，‘暗影议会’的存在对我们构成了巨大威胁。同时，我们内部的分歧也给了敌人可乘之机。我们必须加强团结，严格执行公约，共同应对‘暗影议会’的挑战。” 李昂神情严肃地说道。

在会议上，各个文明的代表们纷纷表示将坚定支持联盟，共同维护公约的权威。那些曾经对公约心怀不满的小型文明，也认识到了自己的错误，承诺将遵守公约，与联盟携手共进。

为了更好地应对 “暗影议会” 的威胁，联盟决定成立一个专门的情报机构，负责收集 “暗影议会” 的情报，提前防范他们的阴谋。同时，加大对新能量与暗物质研究的投入，提升联盟的科技实力和防御能力。

在科研领域，赵琳带领团队对新能量与暗物质的研究进入了一个新的阶段。他们发现，通过对神秘生物的基因解析，可以进一步优化新能量与暗物质的交互方式，从而开发出更加强大且稳定的科技应用。

“如果我们能够成功实现这一突破，不仅可以提升我们的防御和攻击能力，还能在宇宙生态修复和能源供应方面取得更大的进展。” 赵琳兴奋地对团队成员说道。

在军事方面，李强负责对联盟的军事力量进行重新整合和强化。他制定了一系列针对 “暗影议会” 的战术训练计划，同时加快新型战舰和武器的研发与生产。新型战舰将配备基于新能量与暗物质技术的超级护盾和武器系统，以应对 “暗影议会” 可能发起的更大规模攻击。

吴刚则带领外交团队，积极与其他文明沟通，扩大联盟的影响力和支持范围。他与各个文明分享联盟对抗 “暗影议会” 的决心和计划，争取更多的文明加入到对抗 “暗影议会” 的阵营中来。

随着联盟的积极应对，越来越多的文明认识到 “暗影议会” 的威胁，纷纷响应联盟的号召，与联盟建立紧密的合作关系。宇宙中逐渐形成了一个以联盟为核心的庞大阵营，共同对抗 “暗影议会” 的黑暗统治。

而 “暗影议会” 在突袭失败后，并不甘心就此罢休。他们开始加大对自身力量的发展，秘密研发更强大的武器和战舰。同时，他们继续在联盟内部制造混乱，试图破坏联盟与各合作文明之间的信任。

在一次联盟与合作文明的联合军事演习中，“暗影议会” 的间谍篡改了演习的程序，导致演习出现意外，引发了联盟与一个合作文明之间的误会。

“你们是不是故意破坏演习，想要试探我们的实力？” 合作文明的指挥官愤怒地指责联盟。

面对这突如其来的误会，李昂、李强、赵琳和吴刚等人迅速展开调查。他们通过详细的数据分析和情报收集，发现了 “暗影议会” 间谍的踪迹。