助窦冲秘密入洛、为吕光往来传递消息，在前秦攻淮北之战结束后，寇修之也获授东莱太守，到任后与喜好玄、道的苻朗过从甚密。这对寇氏来说是自然是提升，但对于其另一重身份，三辅地区的天师道首领来说，这又是一种削弱。

苻坚自继位以来大力推广儒学、佛教，攻克襄阳后，下令将习凿齿、释道安送来长安，极尽礼遇，更以昔日晋灭吴后，“平吴之利，在获二俊”之语，将二人比作陆机、陆云。

以沙门势力暗助前秦多年的释道安随即入驻五重寺，其地位于潏水之畔，距长安城南七十余里。在统一北方的霸主苻坚庇护下，释道安的道场聚集徒众数千，亲自主持译经传教，至苻坚遇弑同年，亦圆寂于五重寺，数载之间，共译出大、小乘说佛经十四部一百八十三卷，约百余万言。

此时的习凿齿双腿患有风痹，行动不便，而苻坚因夺取襄阳，取得消灭东晋的先机，已经有些飘了，当众宣称，“今破汉南，获士裁一人有半耳。”将跛足的习凿齿称作半人，朝中官吏自上及下，多有以此戏言，苻坚此前的礼遇自然是白费了，不久后，习凿齿就以足疾称病返回襄阳。

早在桓温以权臣霸府行废立事之际，多年前借故离开其幕府的习凿齿，就撰写了《汉晋春秋》，以记述自汉光武帝至西晋愍帝时的正统法理，来限制桓温篡晋的野心。

其中，将三国鼎立时的西蜀刘汉，列为正统，以上承东汉皇位的曹魏为篡逆，还认为直到司马昭平蜀，汉朝才算是灭亡，而随后兴起的晋朝，又印证司马炎有炎兴之义，刘禅有禅让之兆，以此宣明皇位不能凭强力夺取。

但巧合的是，习凿齿书成后，观点传播开来的同年，就对外宣告罹患足疾，成为残废之人。自长安回到襄阳后，习凿齿考寻古义，进一步详细论述晋承汉统之事，淝水之战后，至临终时仍为此留下遗表上疏建康。

北宋司马光撰《资治通鉴》，消极承认曹魏的正统性，南宋朱熹作《通鉴纲目》再度挑起正统之论，成功改变依西晋陈寿《三国志》尊曹魏为正统的旧制，尊蜀汉为正统，《三国演义》亦受习凿齿观点影响，雄才大略的曹老板就此成为戏剧里的白脸曹贼，而身为异族君主的苻坚，在后世也多为人记作淝水之战的败将。