此事过后，道武帝对于司马休之未能如约而至感到十分恼怒，并派遣使者前往兖州探寻缘由。当使者遇到司马休之的随从人员时，便急切地询问为何他们没有按照原计划前来。那些随从们异口同声地回答道：“魏朝如今威名远扬，势力强盛，正因如此，司马休之将军等人才一心想要归附于您啊！只是中途听到了关于崔逞先生遇害的消息，一时心生不安，所以才改变了主意。”既而闻崔逞被杀，故奔二国。”使者返报，拓跋珪[gui]很是后悔杀害崔逞之举。司马休之投奔南燕的详细经过：桓玄将篡→后秦质子→关东募兵→彭城聚故→屯据山阳→击孙无终兵败→欲投北魏→魏杀崔逞，士人心寒→陈留南变卦→东走南燕。“司马休之等数十人”

密谋杀德，逃离南燕

元兴三年（404），刘敬宣、高雅之勾结青州大姓及鲜卑豪帅，准备谋杀南燕主慕容备德，推司马休之为主。备德以刘轨为司空，很宠信他。高雅之想邀刘轨一起作乱，刘敬宣曰：“刘公衰老，有安齐之志，不可告也。”刘雅之还是将计划告知了刘轨，刘轨不从。

不久，刺杀密谋泄露，刘敬宣等往南逃，南燕人收监了司空刘轨，将其杀害，派兵追及高雅之，又杀了他。当时南燕派兵正前往捉拿司马休之，他的马不停嘶叫，于是司马休之上乘马，这匹马向南飞驰而去，逃过了一劫。

出奔后秦

太尉刘裕使参军檀道济、朱超石将步骑出襄阳。江夏太守刘虔之将兵屯三连，立桥聚粮以待，道济等积日不至。鲁轨袭击虔之，杀之。裕使其振威将军东海徐逵之统参军蒯恩、王允之、沈渊子为前锋，出江夏口。逵之等与鲁轨战于破冢，兵败，逵之、允之、渊子皆死，独蒯[kuǎi]恩列陈于堤下、勒兵不动。轨乘胜进攻蒯恩军，乘高俯射蒯恩军，矢下如雨，敌方顿时呼声震地，恩整厉将士，置阵坚严。轨军又屡次进行冲杀，敌阵却岿然不动，轨不可将其攻破，于是只能率部退去。

当时雍州刺史鲁宗之听说刘裕发兵攻荆州，从襄阳率部出发，前往与司马休之军汇合，共同屯兵于江陵。休之命文思及鲁宗之子鲁轨帅军前去抵御刘裕部队。三月壬午，刘裕从马头岸渡江，鲁轨及司马文思率四万荆州府军沿着江边悬崖布防，江津岸十分陡峭，壁立数丈，司马休之军沿着高岸布阵迎敌，令渡江的刘裕军无法登岸。刘裕大呼命令建武将军胡籓[fān]率军攀爬上去，胡籓见眼前形势，面色很为难，刘裕对此极为恼怒，命左右录来，准备斩了他。胡籓不受命，回过头对刘裕说：“籓宁前死耳！”胡藩以刀柄凿石，在崖上凿出了一些勉强能容纳手脚放上去的位置，并由此攀登至崖顶。胡藩登顶后就与一些跟他上来的士兵发起拼死攻击，司马文思等难以挡住刘裕军的攻势，稍稍后退。胡藩眼见敌军后退，乘势发起再一次的进攻，司马文思军一时间纷纷溃散，刘裕军于是攻占江陵。休之、宗之等向北逃去，鲁轨留守石城。四月，刘敬宣的参军司马道赐听说太尉裕进攻其族祖司马休之，便与同府辟闾道秀、左右小将王猛子密谋刺杀刘敬宣，意图占据广固来响应司马休之。乙卯，王猛子砍杀了刘敬宣。随后往西投奔司马休之。五月，阆中侯赵伦之、太尉参军沈林子在石城攻破鲁轨守军，轨弃城向北逃去。途中遇上司马休之、鲁宗之赶来的援军，于是和他们一起北撤到襄阳。可到了襄阳城下，鲁宗之的参军李应之却闭门不纳，而蒯恩也随后率军追来。甲午，休之、宗之、鲁轨及谯王文思、新蔡王司马道赐、梁州刺史马敬、南阳太守鲁范一同在当地人保卫下出境，北奔后秦。王镇恶等率骑兵追赶，直到边境才悻悻而还。

此外，在后秦这边，姚成王和司马国璠率领着大批援兵风驰电掣般地抵达了南阳城。与此同时，北魏的长孙嵩也马不停蹄地奔赴河东一带。然而，当他们听闻司马休之等人镇守的江陵已然沦陷敌手，并且在与刘裕大军的交锋中惨遭败绩时，无奈之下只能纷纷下令撤军，各自黯然返回自己的领地。

司马休之一行人历经千辛万苦，终于来到了后秦的京城常安（也就是如今陕西省西安市，因后秦避讳其先皇姚苌之名而将“苌”字改为“常”）。在这里，后秦皇帝姚兴亲自接见了司马休之，并饶有兴致地向他询问起有关东晋国内局势的种种情况。只见姚兴面带微笑，语气平和地问道：“听闻那刘裕对晋帝尊崇有加，难道其中就没有任何疏漏之处吗？”

听到这话，司马休之顿时怒不可遏，他义愤填膺地回应道：“陛下啊！微臣先前前往都城之时，琅邪王德文曾泪流满面地对我哭诉：‘这刘裕虽表面上侍奉皇上，但实际上对圣上刻薄寡恩，用心险恶至极。’依当前